優勝 ：釧路教育大学
| 北大医 | 函教大 | 釧教大 | 旭医大 | 学院大 | 北星大 | 勝点 | 総失点 | 総得点 | 順位 | |
| 北大医 | 4-5 X |
2-5 X |
1-0 ◯ |
1-4 X |
3-0 ◯ |
6 | 14 | 11 | 4 | |
| 函教大 | 5-4 ◯︎ |
2-11 X |
1-6 X |
2-3 X |
2-2 △ |
4 | 26 | 12 | 6 | |
| 釧教大 | 5-2 ◯ |
11-2 ◯ |
7-1 ◯ |
0-1 X |
1-0 ◯ |
12 | 6 | 24 | 1 | |
| 旭医大 | 0-1 X |
6-1 ◯ |
1-7 X |
4-2 ◯ |
4-11 X |
6 | 22 | 15 | 5 | |
| 学院大 | 4-1 ◯︎ |
3-2 ◯ |
1-0 ◯ |
2-4 X |
5-11 X |
9 | 18 | 15 | 2 | |
| 北星大 | 0-3 X |
2-2 △ |
0-1 X |
11-4 ◯ |
11-5 ◯ |
7 | 15 | 24 | 3 |
※4位と5位の順位は大会規定による
| 平成28年度(2016年度) 二部リーグ戦個人賞 | ||
| 最優秀選手賞 | 平山直也 | 北海道教育大学釧路校 |
| 優秀選手賞 | 堀 陽汰 | 札幌学院大学 |
| 優秀選手賞 | 沼口京介 | 北海道大学医学部 |
| 打撃賞 | 太田 希 | 北海道教育大学函館校 |
| 13打数 8安打 打率 6割 1分 5厘 | ||