優勝 ： 札幌教育大学
| Aグループ | 酪農大 | 医療大 | 札教大 | 東農大 | 勝点 | 総失点 | 総得点 | 順位 |
| 酪農大 | 11-1 ◯ |
6-8 X |
14-2 ◯ |
6 | 11 | 31 | 1 | |
| 医療大 | 1-11 X |
5-0 ◯ |
12-0 ◯ |
6 | 11 | 18 | 3 | |
| 札教大 | 8-6 ◯ |
0-5 X |
10-0 ◯ |
6 | 11 | 18 | 2 | |
| 東農大 | 2-14 X |
0-12 X |
0-10 X |
0 | 36 | 2 | 4 |
※1位、2位、3位の順位は大会規定による
| Bグループ | 北大歯 | 室工大 | 薬科大 | 樽商大 | 勝点 | 総失点 | 総得点 | 順位 |
| 北大歯 | 12-5 ◯ |
3-8 X |
10-9 ◯ |
6 | 22 | 25 | 2 | |
| 室工大 | 5-12 X |
1-11 X |
4-7 X |
0 | 30 | 10 | 4 | |
| 薬科大 | 8-3 ◯ |
11-1 ◯ |
13-9 ◯ |
9 | 13 | 32 | 1 | |
| 樽商大 | 9-10 X |
7-4 ◯ |
9-13 X |
3 | 27 | 25 | 3 |
※2位の北大歯学部は決勝トーナメントを棄権
決勝トーナメント結果
| 平成28年度(2016年度) 三部リーグ戦個人賞 | ||
| 最優秀選手賞 | 谷内 勇也 | 北海道教育大学札幌校 |
| 優秀選手賞 | 佐々木 大 | 酪農学園大学 |
| 優秀選手賞 | 中村 拓海 | 北海道教育大学札幌校 |
| 打撃賞 | 山下 宗親 | 北海道教育大学札幌校 |
| 15打数9安打 打率6割 | ||