平成28年度入替戦の結果をお知らせします。
| – | 第1試合 | 第2試合 | 第3試合 |
| 第1日目 （野幌総合野幌総合運動公園硬式野球場） ７月２日（土） |
学園大 － 釧教大 (1部6位) (2部1位) ‘2－7 |
函教大 － 札教大 (2部6位) (3部1位) 8-1 |
釧教大 － 学園大 (2部1位) (1部6位) 雨天のため3日に順延 |
| 第2日目 （野幌総合運動公園硬式野球場） ７月３日（日） |
札教大 － 函教大 (3部1位) (2部6位) 10－0 |
学園大 － 釧教大 (1部6位) (2部1位) 8-9 |
函教大 － 札教大 (2部6位) (3部1位) 8-1 |
以上の結果、北海道教育大学釧路校は1部に昇格、北海学園大学は2部に降格、北海道教育大学函館は2部に、北海道教育大学札幌校は3部に残留となりました。